Παναγιωτη, Κατ'αρχην, με το master flat δεν κανουμε προσθηκη αλλα διαιρεση! Οσον αφορα το master dark, θα φορτωσεις την πρωτη φωτογραφια, θα φορτωσεις την δευτερη και θα προχωρησεις με Layer->Select All, Edit -> Copy ... πισω στο πρωτο αρχειο που ανοιξαμε και θα προχωρησεις με Edit->Paste και Layer->Layer Style->Blending Options->Blend Mode = Difference.